在一处商店买好便装之后，御坂美琴随意找了一家酒店，换好衣服后来到了樋口制药·第七医药学研究中心，然后利用自己的能力潜入了最机密区域，发现了这样一份报告。
“超电磁炮量产计划：最终报告书。”
看完之后，御坂美琴顿时感到一阵轻松，自己的克隆实验确实存在没错，而且当初自己的DNA一开始就是被骗去做克隆实验的，但是，经过的计算这项计划有致命缺陷，已经终止并永久冻结了。
“什么嘛，到头来还是没有我的克隆体嘛，一定是这个疯狂的计划泄漏出来的时候就不完整，传闻不胫而走罢了。”御坂美琴像是放下了包袱了一样轻松地离开了，却是没有想到，仅仅在她离开后不久，一个和她长得一样的人就走了过来，将关于的档案完全删除。
而少女自称御坂。
另一边，佐天泪子来到了属于暗部Protect的基地，在这里，她见到了之前听过的春上衿衣的老师木山春生，有固法美伟的男友也是曾经大蜘蛛首领的黑妻绵流，自己的同居者，也是学院都市Level5心理掌握的食蜂操祈，还有一位不认识的美少女。
然后，在这群人之后，是自己的男友，亦是学院都市Level5的白井月。
“泪子，我现在要和你说的是关于存在于这个世界的真实，这个学院都市的真正面目，还有我的真正面目。”白井月顿了一下，接着说着。“听完我说完后，你再好好决定是否真的要到‘这边’来。”
“这个世界分成四个部分：其中普通人的世界是一部分，他们没有任何异常的能力，只是生活在这个世界上；第二部分是，没错，就是以学院都市为代表的超能力者以及以科学为名的武装集团；第三部分则是。”
“魔法？真的有那种东西？”
“有的，既然超能力存在那么为什么魔法不存在？而且魔法的势力远远比超能力更加庞大，有着二十亿信徒的十字教就是最大的一部分。这个世界主要分三个势力，罗马正教、俄罗斯成教和英国清教。而且，和是对立的。”
“对立？为什么？”
“十字教是建立在神与耶稣存在的基础上的，但是科学否定神的存在，相当于否定了魔法存在的意义。所以二者的矛盾基本上不可调和。”
停了一下，给佐天泪子一点消化的时间，白井月继续说着：“这个世界的第四部分势力是****的。他们是中立的势力，至于具体是什么意思，就不用太在意了。”
佐天泪子细细地想着刚刚所听到的话语，她第一次接触到这样的现实，实际上，暗部Protect的其他人也是第一次听到这些信息。食蜂操祈或许有些了解，但没有这样细致的分类。
“但是，月你还是没有和我说清楚御坂同学的事情。”佐天泪子没有忘记自己的最初目的。
“别急，关于这个学院都市，还有不少要和你说呢。”