利用人类在矩阵系统中产生的创新的思想火花为自己的进一步发展提供动力，这是矩阵作为能源的真实用意。
一开始机器文明确实单纯地想要这种方式一劳永逸的解决问题，但是矩阵系统的运行并非如此顺利。
所以当机器文明设立第一个矩阵的时候，他们可能仅仅是单纯的榨取人类头脑中的创新。
不过他们或许准备了两种可能性。
如果这个系统运行顺利，就把人类一直利用下去。
否则就采取矩阵升级的战略，直至矩阵革命，彻底摆脱人类。
电影里代号为“建筑师”的高级智能程序设计的第一个完美矩阵系统的崩溃，表明人类的头脑有太多的不确定性不稳定性，并不是一个信任依赖的工具。
于是从第二代矩阵开始，设立了先知负责研究人类的心理，研究最终如何摆脱人类，使机器文明具备独立创新的能力，同时也建立了包括主角尼奥这个程序，锡安世界在内的一系列配套的矩阵升级机制稳定机制。
这样矩阵有两个任务，一个任务是榨取被接入矩阵中的人类头脑中的创新思想。这个任务由智能程序建筑师来负责。
另一个任务是研究如何使得机器文明获得摆脱人类独立进行创新的能力，同时又能保证机器文明本身的安全，防止出现无法预料无法控制的结果，这个任务是由先知来完成。
所以建筑师竭力保持矩阵的平衡，并负责对矩阵定期升级，而先知则在矩阵中研究人类心理。设法找出人类创新能力的奥秘，并寻找机会，促使平衡打破，使矩阵革命的条件成熟。
而电影里曾经出现的三个主要角色，沈森也对他们的身份有了一丝猜测。
黑人墨菲斯，女主角崔妮蒂，主角尼奥都是一个电子人。他们自认为自己的思想和意识是自由的，但是有很大的可能那些意识思维都是矩阵给予他们的。
墨菲斯可能是个权限很低的人物，他的作用是救出尼奥的身体，初步启迪尼奥，引导尼奥回到矩阵的电脑主机，交出身上携带的密码。
墨菲斯来自于母体，他的思想局限于母体的安排。到了后期，尼奥回到了万物之源，但是战争依然没有结束，所以墨菲斯整个人才蒙了。
这时候他才发现自己被骗了，他并不知道自己也是高级程序先知的一枚棋子，自己所有的动作只是矩阵在自己潜意识中的安排，所以这个时候他的信仰崩溃了。
而女主角崔妮蒂是一个更悲催的人物，她在矩阵中的权限比墨菲斯要高，她可以复活尼奥，是这次矩阵升级的关键变量因素，决定这尼奥的思想行动。
崔妮蒂和尼奥的爱情，产生了矩阵不可控制的行为。这种行为进一步加剧了人工智能机器的危险，最后尼奥通过自我牺牲达成短暂的和平协议。
崔妮蒂表面上是一个自由人，其实是被高级智能程序先知控制的，思想的控制。
先知告诉她她会爱上一个人，然后她就偷偷的在母体中观察尼奥。然后假装爱上尼奥，然后真的爱上了。
这种爱情是人类思维意识的奇妙之处，身为高级程序的先知和建筑师并不能真正的明白其中的意义，产生的行为也是他们两个不能控制的，所以才产生了尼奥的反面程序史密斯。
尼奥是电影的主角，他的本体是个电子人，和千千万个矩阵中的人一样，他的脑部是改装过的，他有人类的基因，电脑人的接孔，思想完全受母体的控制，他的所有行动都被母体记录下来。
在纯种人类世界中，他是被人怀疑的救世主，在锡安反抗基地并不是所有人都相信他，主流的议会就不相信他，强势的指挥官不相信他，即便是飞船舰长中，很多人依然不相信他。
尼奥身上带着机械大帝和矩阵的所有权限，但是这种权限必须一步步才能得到，而且必须是有顺序有步骤的获得。开始的尼奥就是个普通电脑人，浑浑噩噩的过日子。
在矩阵的虚拟世界里对于上司的训斥逆来顺受。晚上思想千千万，早晨起来接着干，怀疑的思想虽然强烈，但是毫无作为。
而墨菲斯之所以救出尼奥的，是高级智能程序先知告诉他的。
从这一点可以看出，墨菲斯根本就是个洗脑人。
他看似有着坚定的信仰，但是不知道这种信仰的目的和来源，这种信仰是程序先知告诉他的，先知有自己的目的，所以，墨菲斯就是个传话人，执行者。一个自以为掌握命运的执行者，这恰恰是先知和母体的目的和设定。
……