一切的改变发生在万历二年，当年朱翊钧在京师故纸堆里翻出了郑和下西洋时期的全套海船图纸和资料。他随即派出中官，在龙江船厂等地官办船厂督造新船，重点是利用订单培训工匠。
尽管朱翊钧高度重视，但能够造大型舰船的船工早已老死殆尽，大明造船经验严重不足。而且宝船虽大，但船速已经跟不上葡萄牙军舰航速——差距大概在一倍左右，也不符合朱翊钧要求。
因此，尽管当时负责督造的中官以各种手段从私营船厂中争夺些“耆民”，也闹了些风波，但能够达到八节航速的船制造起来难度还是极大。
朱翊钧咬牙坚持投入，一直到万历五年俞大猷接手时，试制出来符合要求的大船不过二十余艘，其中最大的排水量不过五百吨。即便如此，在时人眼中，已经属于“巨舰”级别。
船有了，更重要的是培训海军，俞大猷受命所做的，即是培训海军，并摸索战法。从万历四年河漕改海开始，俞大猷就在朱翊钧支持下筹建海军。因其武将身份，朱翊钧恐其不能服众，当时加其后军都督府佥书，兼海漕护军总兵，指挥所设在登州。
俞大猷虽然打过海战，但对手多数是倭寇的小船。这些年他和朱翊钧书信往来，朱翊钧尽其所能的结合新船提出些新想法，都需要俞大猷在海上演练并总结经验教训。
隆庆五年的时候，欧洲联合舰队和土耳其舰队发生的勒潘多海战大规模使用了放置在船艏的火炮，取得了惊人的战果。
勒潘多海战之后，只有英国的军舰一条道走到黑，开始研究舷侧火炮进行不接触作战。包括西班牙无敌舰队在内，全世界的战舰在火器的使用上仍局限船艏火炮，其余船员用火蒺藜和火绳枪，撞角和接舷战仍然是海战的主流。
幸运的是，本时空的大明有了穿越者。更加幸运的是，戚继光在嘉靖三十九年的时候，曾经组织发明了舰炮反后座装置，并将小型火炮应用在戚家军的海船之上。
当戚继光将舰炮反后坐装置报给朱翊钧的时候，朱翊钧的眼睛湿润了。尽管本时空戚继光已经得到了靖海伯的封爵，但朱翊钧知道自己给的远远不够——仅以戚继光的此项发明来说，就价值一个侯爵。[注2]
有了穿越者点破新的战术思想，又有了解决火炮反后坐的装置，“风帆战列舰”以及相应的战法的诞生就水到渠成。而万历九年罗马使团的到来，让大明的海军彻底插上了腾飞的翅膀——已经恢复了五六成手艺的大明船工，在学习了新型盖伦软帆船的制造技能后，大明的军舰也终于补上了最后一块短板。
此次凌云翼带着俞大猷到大沽，就是接收第一艘新型海军主力舰伏波号。这艘细长而又漂亮的三桅大帆船龙骨是船宽的三倍半，船艏又尖又长，前帆和主桅杆上面的主帆一样大，而且后桅杆上采用了三角帆。
〸应该指出的是，三角帆的概念是朱翊钧提出来的，经过验证在大明新型舰船上被广泛采用。实际上，后世的非专业人士对欧洲时代的大帆船大多来自《加勒比海盗》：远远探出船艏的斜桅和吃满风三角帆。除此之外，朱翊钧知道的和俞大猷一样多。
但皇帝毕竟有他的看家手段——皇家格物院。格物院成立后，对于帆船理论研究也被提上了日程。他们研究的成果有三个：一是在船帆上增加了“帆骨”，使得此际大明舰船兼有硬帆和软帆的优点。另外一个成果是在桅杆上增加了多个桁架，把大船帆切成小块，这样在逆风的时候，经过复杂的操控，帆船仍旧可以保持一定的速度。
最重要的是，经过刻苦钻研，大明格物院终于将船舵放在了前甲板——变成了轮舵，并在罗马教廷带来的盖伦帆船制造技术中，找到了克服了大明福船船舵巨大这一缺点的制造工艺。
经过长时间的努力，伏波号终于定型，并将在大沽、临清、龙江等十个船厂同时开工建造。而第一艘试验舰和训练舰，将作为大明海军到日本宣旨的旗舰。
凌云翼——枢密副使兼海军都督，将率领大明粗具规模的第一个舰队，到日本传达皇帝对日本国王谵称天皇的愤怒。而在此之前，他要把俞大猷在武学中说研究的“风帆战列舰作战方法”全数掌握。