其次，“乡绅一体纳粮”主要是在朝廷管理效能低下的情况下，用一刀切的方式收税。这与朱翊钧将来用免税手段调节社会管理的目的相悖。而且更重要的是，本时空的一条鞭法其实已经比原时空进步——士人的免税是以退税的形式实现的，也就是他们先交了赋税，然后朝廷按照其免税额度予以返还。
从表面上看来，这种政策好像是脱裤子放屁，本时空除了王国光等寥寥几人外，几乎没人看得懂这是什么神操作——好像除了增加基层工作量之外，没有什么用处。
但税务处长出身的朱翊钧深知，这绝非多此一举。先交税后退税的政策，最主要的功能是将“赋税人人平等”这一概念深入人心，让所有人都养成交税的习惯；其次，将来随着财政松紧变化，可以随时调整退税的范围和税率。到那时候，这些退税过程中留下的数据和资料，将极大的减轻新税征收的工作量。
再次，“乡绅一体纳粮”还是雍正在康熙“永不加赋”这一所谓“仁政”的基础上，将口赋并入田亩的一种税收政策——这将给工商业乃至城市化发展起来后，个人所得税的征收带来极大的阻力。
最后一条，丁口赋的收缴，也保护了清丈和编户的成果——使全国性的人口统计变成了常态化的工作，有利于朝廷施政。
因上述原因，朱翊钧权衡再三，并与内阁详细分析研讨之后，新出台的一条鞭法并未跨到“乡绅一体纳粮”——不过是“实事求是”使然耳。
原时空条鞭法推行过程中，江南小民蒙其利，多以为此乃善政。而在北方，一条鞭法的推行过程中因为货币投放量和流通双不足，反而在局部地区变成了恶法。
北方农民在缴税季集中卖粮，因为粮食市场不如南方发达，造成了“钱贵粮贱”的情况，极大的增加了他们赋税负担。而且原时空北方吏治败坏甚于南方，导致在征税过程中，地方官滥增“火耗”，也变相加重了赋税。
在本时空，朱翊钧和张居正等人在推出一条鞭法时，有意识的在朝廷南北和边地都选择了很多州府进行试点，较为充分的暴露出了问题。
同时，朱翊钧所布局的工业联合体，因为矿产资源的关系，其生产环节放在北方居多，进而强化了帝国北方的市场经济，变相增加了帝国北方的货币投放量。
更因为本时空发生了“李朝斗跳河救母”事件，财政状况相对较好的朝廷大幅增加了京官的俸禄，进而将大量白银投入了北方的流通环节，客观上缓解了“钱荒”。
至于散碎银两熔为官银过程中的火耗问题，朱翊钧则直接把雍正皇帝的“火耗归公”抄了过来。
在万历五年的时候，朝廷给京官大规模加俸禄就导致了很多地方官的不满——我们干着基层最苦最累的活儿，升官比京官还慢，如今工资还差一大截子，这不是逼着我们贪污吗？
然而当时的朝廷确实无法支撑给全天下官员加俸，只照顾京官也是不得已而为之，否则再来两个李朝斗那样的，皇帝的脸还要不要了。
但不给地方官加俸禄，潜台词其实是地方官有来钱的道儿，他们不需要加俸——这本身就是一个不好的导向。但在未实行条鞭法之前，朝廷也不可能再给小民加税用以养廉，因此这两年这事儿就一直拖着。
条鞭法试点后，有些地方官利用火耗上下其手，部分比较黑心的竟然收到到三成，属地民众的赋税反而加重了。但试点么——本就是要充分暴露问题的。
因此伴随着条鞭法全面推开实行的，还有后世雍正皇帝的“火耗归公和养廉银”政策。经过大量的数据统计，试点州府因为白银质量的不同，火耗平均成本为三分。于是朝廷明令规定火耗为百分之十三，多加一分即以“贪赃”论罪。
所有火耗均由布政司统一收缴，造册之后统一向下发放。诏旨上说：“与其州县火耗以养上司，何如上司拨火耗以养州县”。
这种制度带来了立竿见影的效果，一是直接增加了地方财税收入，提高了地方应对灾害的应对能力；其次确定了俸禄和养廉银相结合的收入制度，将地方原来的横征暴敛，随意加赋的自由裁量权取消，灰色收入转为明面上的补贴，降低了腐败风险。再次，统一规定了火耗标准，也减轻了农民的负担。
将火耗归于布政司还带了一个好处，是增加了省级地方政府对下级的掌控力。按照当初盐政改革的设计，售盐区的划定是以县为单位的。这政策直接造成了县富而府、省穷的局面，不利于省、府两级对县治的掌控。
如今火耗归省支配，朝廷允许布政司出台本省的养廉银发放标准，对于各省因地制宜的治理增加了一个强有力的抓手。
而养廉银的发放，反过来又拉大了地方官与京官的收入差距——以万历八年年底，侍从室出身的四川巡抚王廷赡为例，其养廉银高达五千五百两，接近其年俸的十倍。
京官虽然眼馋这高收入，但并不十分羡慕。因为此际朝廷的政体改革还没有深入，地方官的幕僚等人员都需要官员个人给开工资，因此养廉银暂时还不能造成“三年清知府，十万雪花银”的效果。