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这奏报提醒了朱翊钧，必须将牛痘在帝国的普及提上日程。他知道天花是人类消灭的唯一一个传染病，也知道其疫苗来源于牛痘，但他不知道，直接用牛痘中的脓液来种痘，是否可行。
于是他将傅思川从宁国府召入京师，指导一番后，令其研究牛痘。但傅思川的人痘之法来源于其祖上，自己并无科研能力，用摆弄人痘的方法来从事牛痘的藏苗和贮苗，无一成功。
此时，朱翊钧又想起了李时珍，即下令锦衣卫湖广局寻找他，并让他进京——但因为湖广局开始时没跟李时珍说清楚，到了八月底李时珍才进京接了这个任务。
比李时珍提前进京的，还有“医圣”万全万密斋、精通外科的陈实功等多名此时已经名显当世的医学大家。
万全虽此时已经年逾古稀，但在皇帝谕旨召唤之下，还是将包括、、在内的包在行李内，和六个徒弟一起带到了京城。
因为名显天下，万密斋一进京，满京城轰动。这勋贵重臣之家，险些把帖子和礼物堆满了万全赁居的宅子。因为这老头医德高尚，“视人之子如己之子”，不会拒绝人，这请他去看病的从第一天开始就排到了两个月之后。
朱翊钧见不是头，怕他累着了，连忙派人将他请进宫，又如同菩萨一样供奉在太医院。这太医院的诸位太医见万密斋来了，连争胜的念头都没有，个个扁扁的服，把老爷子哄得日日开心，一点都不水土不服。
让万密斋给两宫太后和自己检查了身体，并上了一堂养生课之后。朱翊钧正式召见万密斋、陈实功等人，将自己的目的和盘托出——要趁着此际手头宽裕的机会，重立太祖初期设立的医学提举司，并设立明代第一个真正意义上的大学——京师医学院。
按照后世的医学院产学研一体的办学模式，此医学院也仿照南苑武学院建制，首任山长即为万全万密斋。朱翊钧在西苑西北角里面砌了一道宫墙，再把原来的宫墙上开了一个大门，即把已经荒废掉的小校场从西苑割了出去，作为医学院的校址。
同时，朱翊钧还在新砌的宫墙上开了个小门，作为医学院的后门。如此一来，此后他若身体有恙，打开这小门就能立即组织大规模会诊。尽管这可能让太医院的太医们感到心里不太舒服，但已经当了快两年皇帝的朱翊钧，此时哪里能照顾到他们的想法。
医学院的设立，从体制到机制和后世的大学并无不同。在朱翊钧和万密斋等人交流之后，医学院将设立医学系、护理系、药学系等大系，下设内科学、外科学、妇科学、儿科学、传染病学、药学、病理学等专科。
南苑武学院建立时，朝廷尚有些杂音不同，这京师医学院的设立，满朝廷全是称颂之声。朱翊钧在领教了言官的驰名双标之余，当然也要撩闲刺激他们一下，经过与陈实功商量，在医学院内还设立解剖学——从事人体解剖研究。
让朱翊钧更没想到的是，这在京师百姓中引出好多版本恐怖故事的新学科，却仍未引起御史、言官得任何反弹。
朱翊钧这才知道，这些所谓“秉正道而行，养浩然之气”的老兄们，在涉及到他们自身生命安全的事情上，驰名双标早已突破了大明朝的天际。